根據一項全台水庫第四型阿米巴原蟲調查發現，水庫水源年平均檢出率39.5%，秋季檢出率最高達63.2%，其中基隆新山、新竹寶山水庫一年四季中有三季檢出。學者表示，水庫水源是台灣重要飲用水源區，雖經自來水廠過濾等，仍擔心有「漏網」的阿米巴原蟲，又經水管等環境繁殖，民眾若不小心接觸到眼睛或鼻腔，恐造成角膜潰瘍，甚至腦膜炎。
中正大學地球與環境科學系教授許昺慕表示，這項調查從2012秋天開始、針對全台19個水庫表層水體的水源，採樣分析最易致病第四型阿米巴原蟲（棘阿米巴原蟲）分布。分析2012年秋季到2013年夏季資料，水庫水源的阿米巴原蟲年平均檢出率為39.5%，以秋季檢出率最高，19個水庫中，有12個水庫檢出，檢出率63.2%，北部較嚴重；四季中有三季均檢出的水庫為基隆新山、新竹寶山水庫。
此研究是執行科技部計畫研究「水體環境中自由型阿米巴原蟲流行病學分析」。許昺慕說，阿米巴原蟲原本就存在於土壤、自然水體中，尤其地球暖化，水的均溫升高，更適合其生長。雖然自來水廠會經過過濾、淨水等程序，可能多數細菌、原蟲等會被過濾掉，但阿米巴原蟲若處於休眠狀態，外面會產生一個莢膜，莢膜可以抵禦惡劣環境，一旦有1%的原蟲出了自來水廠，跑進水管中，環境適合阿米巴原蟲生長，可能會開始生長、繁殖。
許昺慕說，原蟲也有可能來自因水管破裂等因素，由土壤等外在環境進入水管中，因此，無法評估到底哪個環節會有問題。
他建議環保署、自來水公司應針對自來水系統，以及出了水廠後的水管線監測，了解、釐清阿米巴原蟲分布狀況，才能評估適合的管理對策。此外，從事水上活動，例如溪流游泳、泛舟或泡湯等，也可能有風險，建議相關單位均應監測、並做風險分析。
